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リガクのX線装置では、2次元の回折･散乱データがオリジナル形式のImgファイルに保存されはります。
このデータを操作するにはリガクのソフトが必要や。一応、リガクのソフトを使うたら2次元のビットマップ画像として変換できまっけど、元々1ピクセル16ビットやったデータが8ビットに落ちてまうさかい、定量的解析には向きまへん。 ちうことでよりどエライ昔から16ビットのTiffに変換できるソフトを探しとったのやけど、どないしたかて見つさかいないんで、ImageJを使うて変換する方法を編み出しましたわ。 注）一部のファイルにしか適用でけへんようや。 準備として、次のことが必要や。 ・画像のサイズ（pixel × pixel）を調べておく ・次のテキストに適当な名前を付けて（拡張子はtxt）保存しておく ----- // Correct a Rigaku IMG file to handle in ImageJ. // IMG file must be read as 16bit Unsigned. // Skip byte is the size of one line, i.e., 2 (byte) * pixels of width. w = getWidth(); h = getHeight(); mask = 32767; for (y=0; y<h; y++) { for (x=0; x<w; x++) if (~mask&getPixel(x,y)>0) putPixel(x, y, (getPixel(x, y)&mask)*32); // In some cases, 32 in the above line must be corrected to 8. } resetMinAndMax(); ------- 準備が出来よったら、ImageJを起動し、"File -> Import -> Raw"の操作で目的のImgファイルをインポートしまっせ。Image typeは16 bit Unsigned、Skip byteは1行のピクセル数×2（バイト）や。Little-endian byte orderはチェックしまへん。 これだけで正常に見えとる場合も多いのやけど、強度の値があるしきい値を超えたピクセルがあれば、見かけ上は異常な強度値となっとりまんねん。 次に先ほどのテキストファイル（マクロ）を"Plugins -> Macros ->Run"の操作で読み込み実行しまっせ。 この操作で、異常に見えとったピクセルが補正され、リガクのソフトで読み込んやような画像となるんですわ。 1ピクセルあたり16ビットの階調は保持されとるさかい、そのまんまTiff形式で保存したら目的の変換が行えまんねん。 #
by tosakam
| 2014-08-19 12:44
| 解析
東大で学んや卒業論文の書き方ちうページを見つけたんや。
タイトルにある「論文の書き方」に留まらへんし、研究の心得や進路に関するアドバイスやらなんやら、幅広い内容が簡潔に書かれとりまんねん。 学生の方は、是非一読するようお勧めしまっせ。 人気blogランキングへ #
by tosakam
| 2007-09-26 18:38
| 論文作成
まず最初にお断りしておきまっけど、ここから先の一連の記事はMeepを十分に理解しておらへん時点でのメモみたいなもんや。オノレなりの解釈に過ぎないんで、間違いが含まれとったらご容赦おくんなはれ。（適時訂正しまっせ。)
Meepを使うて実際にシミュレーションを行う為には、想定してんモデルやシミュレーションの条件をどの様に表現するか、知る必要がおます。 チュートリアルでも紹介されとりますが、物体に対する電磁場の応答をシミュレーションするわけやから、Meepではなんぼなんでも次の要素を明示するっちうことが必要や。 geometry-lattice: シミュレーションに用おる空間の定義（有限の大きさを持った空間) geometry: シミュレーションの対象となる構造（形･大きさ･位置・誘電率) sources: 光源(形･大きさ･位置･連続性・波長･偏光・・・) その後で計算を実行するんやけど、そやけどアンタ、空間と時間を有限の単位に分割して順次計算するんで、 run-until: 計算の範囲（時間やらなんやら） も指定するっちうことになるんですわ。 この様なパラメータの設定は、コマンドラインから逐次手入力するっちうことも出来まんねん。 せやけどダンさん、テキストファイルに記録しといて一括して実行したほうが便器...おっとちゃうわ、便利でっしゃろ。 Meepでは、そないな風なファイルを.ctlファイルとして読み込むよう想定してるんや。 パラメータを設定するための文法は、Schemeちうプログラム言語に基づいとりまんねん。Schemeのおーまかなトコをつかむには、ウチのページが役に立つでっしゃろ。 人気blogランキングへ #
by tosakam
| 2007-07-23 22:58
| 解析
せっかくやから、Meepインストール性交...ひひひ,ウソや,成功に至るまで経験したシッパイについても、お知らせしておきまんねん。
(1)libctrlとGuileのバージョン 運が悪ければ、この段階で諦めてたんや。 たまたま、Cygwinのインストールで最初に選んやサーバからダウンロードしたGuileがVer. 1.6.7-4やった。Meep Installのガイダンスでguile-develのソースが必要やと分かり、このバージョンのソースをインストールして、./configureを無事に完了するっちうことが出来たんや。 その後、Cygwinのダウンロードサーバを変更するとGuileが新しいバージョンになりよったのやけど、その場合にはアヤマチになり./configureで止まったんや。たまたま古くさいバージョンのGuileを使う環境にやったらなければ、どうしたらよいか見当付かへんかった思うで。 (2)libctlとライブラリ 上のようにどないかして./configureをクリアできても、最初のうちはmakeでアヤマチになり、libctlをコンパイルするっちうことがでけしまへんやった。ディスク容量節約のため、Cygwinをインストールする際、パッケージ内にある必要最低限のモジュールだけを選ぶようにしとったのやけど、それが裏目に出たようや。 LibsやDevelのパッケージをぜええんぶひとつのこらず選択するようにして、やっとコンパイルアヤマチが無くなったんですわ。 (3)HDF5のインストール HDF5のホームページ内にはようけの情報があんねんけど、それだけにかえってCygwinにインストールするための情報を探すのがエライやった。 HDF5はC, C++, Fortranのライブラリを作成するっちうことが出来まっけど、Meepのコンパイルにどれが必要なんか分からしまへん。 また、HDF5をどのフォルダにインストールしたらよいんかも分からしまへんやった。 この状態で、安定なHDF5 Ver. 1.6.5をインストールしたろおもてたんやが、コンパイルでシッパイしまっせ。色々と試行錯誤し、とりあえずCとC++のライブラリ作成に限ればコンパイルとインストールの出来よることがわかったんや。 せやけどダンさん、Meepについて./configureを実行する際には、HDF5が見つさかいへんような文句が出まんねん。 諦めかけたトコロで、HDF5のホームページにHDF5 Ver. 1.6.5はCygwinに対応しておらへんとの記述を発見！Ver. 1.8.0 Beta2を使うて、やっとC, C++, Fortranのライブラリをインストールできましたのや。 ほんでもMeepについて./configureを実行すると、HDF5が見つさかいへんような文句が出まんねん。HDF5のインストールフォルダが認識されておらへんんかと考え、色々な場所にインストールを試みたちうワケやが、いずれの場合もMeepの./configureにHDF5が認識されへんんは同じやった。 もう完全に諦めとったのやけど、ケツや思いSzipをインストールするディレクトリを/usr/localに変えてんだんや。Meep自体は直接Szipをリンクせんので関係あらへん思っとったのやけど、HDF5を経由してんねんさかい影響するんかもしれしまへん。 結局、これが功を奏してMeepにHDF5が認識されたんですわ。 とはぬかしても、./configueでHDF5が認識されただけや。実際にリンクする段階ではアヤマチになってしもたんや。 (4)Meepのインストール Meepをコンパイルする際、あるファイルが見つさかいんということでアヤマチになり、止まっとったんや。この問題については、ネットで調べた情報＋メーリングリストのアドバイスを基に対応するっちうことが出来たんや。 人気blogランキングへ #
by tosakam
| 2007-07-21 00:31
| 解析
ようやっとここまでたどり着きましたのや。
ウチからMeepのソースファイルをダウンロードします。 これまで何度も繰り返した手順と同様に、圧縮ファイルの展開→フォルダ移動→./configure →make →make install でインストール出来まんねん。 さて、Meepで計算した結果はHDF5のデータとして出力されはるが、それを可視化するためのソフトが必要になるんですわ。 Meepのチュートリアルで紹介されとるんはH5utilsちう一連のソフトで、Cygwinに上記と同様の手順でインストール後、コマンド入力により使用しまっせ。直接HDF5のデータを可視化するんやのうて、pngの様な一般的な画像データに変換しまっせ。 Windowベースで作業するんやったら、HDFViewがええでっしゃろ。ウチは直接Windows上でインストール出来まんねん。 人気blogランキングへ #
by tosakam
| 2007-07-20 19:18
| 解析
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